أول المصادر التاريخية التى بين يدينا عن وصف الدير هو ما كتبه المقريزى ( المتوفى سنة 1441م ) فى خططه وذكر انحصار الرهبنة فيه وكتب فى وصف الدير: " دير أبو فانا بحرى بنى خالد وهو مبنى من الحجر وعمارته حسنة وهو من اعمال المنيا ويقع فى الحاجر تحت الجبل"- وكما يقول نيافة الأنبا ديمتريوس أسقف ملوي- ما كتبه المقريزي المتوفي عام 1441م حيث يذكر أنه كان يعيش هناك ألف راهب وكان بالدير مائدة للرهبان تتسع لهذا العدد
وفى سنة 1717م وضع الاب سيكار وصفاً للدير يذكر ما شاهده من الصلبان الكثيرة التى تزين حوائط الكنيسة وتمكن من قراءة كتابة باللغة القبطية فيها عبارة " خشبة الحياة " ، وهذا تقرير الاب سيكار بالفرنسية:
" رحلت من هذه الاديرة يوم 15 نوفمبر لكى اذهب الى كنيسة الصليب الفخمة التى تسمى ايضاً دير ابو فانيوس أو الانبا فانيوس وهى نفسها التى أشار اليها " روفان كاهن اكيلية " فى مقالاته عن حياة القديسين المتوحدين كنيسة الصليب التى يسميها ايضاً اليونانيون دير الانبا فانيوس وهى تقع على بعد ست أو سبع فراسخ من ملوى اسفل جبل الغروب . وهى مزينة بأحد وعشرين عموداً من الرخام من الطراز القوطى . أحد عشر منهم فى صحن الكنيسة والعشرة الآخرون يحيطون بالهيكل.
الحوائط مرسومة من أعلى الى اسفل بعدد لا يحصى من الصلبان برسومات مختلفة وبألوان يختلف كل منه عن الآخر الذى يشكل منظر ممتع للرؤية.
لفت نظرى أحد الصلبان وفى أطرافه أربعة ورود مرسومة بشكل جيد جداً ويبدو أن هذه الورود مرسومة قبل القرن الثامن قبل فتح العرب لمصر بقيادة عمرو بن العاص ثانى خليفة للمسلمين لأن هؤلاء القادة لا يمكن أن يكونوا قد سمحوا للمسيحيين ببناء مثل هذه الكنيسة لممارسة عبادتهم فيها . وبحثت بدون جدوى فى جميع أنحاء الكنيسة عن مخطوط يفيدنى عن تقويمها او تاريخها فلم أجد الا فى قبة الهيكل الكبير وحول الصليب الكبير هاتان الكلمتان اليونانيتان بحروف كبيرة التى تعنى " خشبة الحياة " ، وهذا يعنى ان الدير كان فى حالة جيدة حتى عام 1717م.
تعد أول المصادر التاريخية عن وصف الدير ,وفي عام 1717 وجد الأب سيكار الفرنسي مخطوطة أثرية تتكلم عن حياة رهبان الصحراء في مصر والتي جاء فيها جزء كبير عن حياة القديس آفا فيني أو أبو فانا وهناك مخطوطة علي ورق البردي محفوظة في متحف النمسا ومصدرها منطقة الأشمونين التابعة لمدينة ملوي وهي مخطوطة في غاية الأهمية إذ ترجع مصادرها إلي عام 533م وفيها وصف لمنطقة أبو فانا وأخبار عن الدير.
ويذكر الأب سيكار ما شاهده من الصلبان الكثيرة التي تزين حوائط الكنيسة والمرسومة بعدد لا يحصي بأشكال وألوان مختلفة كما أن الكنيسة نفسها علي شكل صليب لذلك أطلق علي الدير اسم (دير الصليب).وقد تمكن من قراءة كتابة باللغة القبطية علي قبة الهيكل الكبير وترجمتها (خشبة الحياة)
وفى سنة مجىء الحملة الفرنسية على مصر ( 1798 - 1801م ) وضع علماؤها وصفاً دقيقاً للدير وذكر فيه البئر والفرن ، وأن الرمال غطت معظم الدير ويسمى الدير باسم ( دير الصليب ) وكان أول من أطلق عليه هذا الاسم هو ماسبيرو الذى زاره سنة 1883م ودهش من كثرة رسوم الصلبان فيه ، كما أن الكنيسة نفسها على شكل صليب.
أعدت الحملة الفرنسية عام 1798 دراسة وصفية عن الدير وكتبها العالم جومارد Jommard حيث وصف دير أبو فانا بكتاب وصف مصر وصفا دقيقا وأشار إنه كان يوجد به منشوبيات وهو نظام رهباني قديم جدا يجمع بين حياتي الشركة والوحدة في آن واحد فتكون كل منشوبية جماعة متناسقة وتنتشر هذه المنشوبيات حول المبني الكبير للكنيسة
إن أول هذه البعثات كانت من مجموعة فريق دولي من ثمانية مؤسسات من خمسة دول أوربية وفي نفس العام قام عالم الآثار الألماني د.جروسمان أستاذ الآثار الشرقية بالمعهد الألماني بدراسة مباني الدير (4) وفي أواخر سبتمبر 1987 قامت هيئة الآثار المصرية بالتعاون مع بعثة الآثار النمساوية تحت إشراف عالم الآثار د.بوشلوزر باكتشاف الكنيسة القديمة التي يرجع تاريخها إلي نهاية القرن الرابع أي في زمن القديس أبو فانا (قديس الدير) وجدرانها مزينة برسوم الفريسك علي الجص بألوان مبهرة واكتشف المذبح وباقي حدود الكنيسة وأعمدتها وقامت البعثة بعمل سقف مسطح للكنيسة كما قامت بعمل ترميمات للمبني والفريسكات علي جدرانها ومن أهم اكتشافات البعثة النمساوية العثور علي أكثر من 20 قطعة من العملات المعدنية التي ترجع إلي الفترة من عام 350-425م وتم الكشف عن الحجرات الأساسية للدير والكنيسة والمدافن لرؤساء الدير وحجرة الأغابي الأصلية و4 مصابيح زيت من البرونز من طراز متفرد وزخارفه معقدة ووعاء كروي بيزنطي من الزجاج به رسوم محفورة يوجد له مثالين آخرين فقط في العالم أحداهما في دولة عمان والآخر في واشنطن.
فن عمارة الدير:
دير أبو فانا يحمل أشكالا مختلفة ونادرة تنتمي للفن البيزنطي في الأسقف والتشابه الوحيد معها في هذا الشكل هي كنيسة الميلاد في بيت لحم والسقف الجمالون أيضا فوق الصحن الأوسط للكنيسة كما أن الفريسكات (النقوش علي الحوائط) تعتبر من أضخم رسومات الصليب في الكنائس القبطية عامة.
قديسو الدير عبر العصور:
من الآباء الرهبان القديسين الذين عاشوا وترهبنوا في الدير البابا تيؤدوسيوس البطريرك الـ79 والبابا متاؤوس الأول البطريرك الـ.87
كنيسة دير القديس أبو فانا
هى الكنيسة القائمة بالدير والتى ترجع الى القرن السادس الميلادى، ونورد ثلاثة أعمال حديثة فى وصف الكنيسة ، الوصف الأول لقسم العمارة القبطية والثانى والثالث عن كتاب الدير دراسة للاستاذ نبيه كامل داود.
*************************************************************************************************************
قرار الأعتراف بتعمير الدير من المجمع المقدس للكنيسة القبطية الأرثوذكسية :
يسر المجمع المقدس للكنيسة القبطية التعمير الرهبانى الذى تم فى
دير القديس أبوفانا المتوحد بملوى
فى عهد
قداسة البابا شنودة الثالث
حيثُ أن هذا الدير الأثرى الذى أسسه القديس أبوفانا المتوحد فى القرن الرابع الميلادى واستمرت الحياة الرهبانية فيه إلى القرن السابع عشر وقد وصل عدد رُهبانه فى بعض الأوقات إلى أكثر من ألف راهب وقد تخرج منه إثنان من الآباء البطاركة هما البابا ثيؤدوسيوس (79) والبابا متاؤس الأول (87).
وقد أصبحت فيه الآن حياة رهبانية منتظمة تحت إشراف نيافة الأنبا ديمتريوس أسقف ملوى كما توجد بداخل أسواره الجديدة كنيستان بخلاف الكنيسة الأثرية التى من القرن السادس والتى تم ترميمها على نفقة مطرانية ملوى – وقلالى للرهبان وطالبى الرهبنة أكثر من 50 قلاية وأماكن للزائرين والخُلوات ومائدة للرهبان ومكتبة إستعارية ..إلخ.
وبعد فحص الطلب المقدم من نيافة الأنبا ديمتريوس بما يحتوى من معلوُمات ووثائق وصور تثبت إستكمال كُل الشرُوط اللازمة للاعتراف بدير.
قرر المجمع المقدس للكنيسة القبطية الأرثوذكسية فى جلسته المنعقدة يوم السبت 21 بشنس سنة 1720 ش الموافق 29 مايو سنة 2004م برئاسة صاحب الغبطة والقداسة :
البابا شنودة الثالث
بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية "117"
الاعتراف بدير القديس أبوفانا المتوحد بملوى ضمن الأديرة الرسمية فى الكنيسة القبطية
وبناءً على ذلك سيقوم قداسة البابا شنودة الثالث بإعطاء الشكل الرهبانى للرُهبان المقيمين بالدير والمنتسب رهبنيتهم إلى دير الشهيد العظيم مارمينا العجائبى بمريوط ورهبنة مجموعة أخرى لهذا الدير .